2012.5.5 diary

어제 밤새야할 일이있어서 꾸역꾸역 밤을 샜더니 몸이 천근만근이다.
공부할때는 거의 밤을 새지 않는편이다. 밤샘공부가 나에게는 오히려 역효과..

무튼 이렇게 몸이 고달프니
갑자기 이런저런 해야할 일을 다시 떠올리고 찾아보고 생각하게된다.
평소에 시간많을 때는 그냥 놀고만 싶고 놀기만하는데 오히려 이렇게 힘들땐 해야할 일을 찾는거같다.

그러고 보면 운동만 할때도 비슷한 효과를 보는듯하다. 워낙 평소에 운동을 안하던 터라 조금만 운동을 해도 힘들어서 ㅋㅋ
운동 시작해야겠다고 버릇처럼 말만하는데..
진짜 내일부터 시작해봐야겠다.

정말 바뀌어야겠다. 시험준비할때의 그 규칙적인 생활과 열정은 다 어디로갔는지.
그 때보다 더 열정적으로 살아야할 이시기에 안정감에 기대에 불꽃이 사그라들고있는거같다.
결국 초는 다 타버리는법. 계속 찾고 꾸준히 노력할 수밖에 없다.

순간드는 열정과 꿈들을 계속 유지하는건 정말 어려운일인거같다..

quorum sensing science inspiration

What is Quorum sensing how do bacteria talk to each other?



 

           

           Figure 1. Transition into stationay phase by Quorum sensing

 Cell-cell signaling은 거의 모든 cell에서 이루어지는 기본적인 활동이다. 여기서 주로 다루고자 하는, Bacteria의 경우도 마찬가지이다. Cell-cell signaling은 일반적으로 환경에 대처하기 위한 반응이며, bacteria의 경우 독특한 방법을 취한다. Bacteria는 환경의 변화에 반응하여 특정한 molecules를 합성하여 extracellular로 배출하고 uptake하는 방법을 사용하여 서로 communication하는데, 이러한 signaling"Quorum Sensing"이라고 하며, 이때 signaling을 매개하는 moleculesautoinducer라 한다. Quorum Sensing이란 용어가 붙게 된 배경은 이들의 독특한 signaling 특성 때문이다. 'Quorum'이란 '정족수'를 뜻하는 단어로, bacteria의 개체수가 얼마되지 않을 때는 이런 signaling이 일어나지 않으나, 개체수가 증가하여 autoinducer의 농도가 일정수준 이상이 되면 자신들의 개체밀도를 감지하게 된다. 따라서 'Quorum'이란 단어가 쓰인 것은 이런 signaling이 기본적으로 개체수 감지를 위한 것이기 때문이다. 그러나 최근들어 bacteriaQuorum Sensing을 통하여 개체수 뿐만 아니라, (stress를 비롯한) 주변 환경의 변화를 감지하여 cell이 이에 적응할 수 있도록 도와준다는 결과 발표되고 있다. 이런 환경 변화의 예로는 nutrient 부족, 같은 nutrient를 사용하는 미생물과의 경쟁, 주변 toxic compound의 증가 등이 있다. Fig1Quorum sensing에 의해 개체밀도 증가를 감지하여 bacterial growth patterngrowing phase에서 stationary phase로 전환되는 과정을 보여준다.



History of Quorum-sensing

 Quorum Sensing의 발견은 형광을 띠는 flashlight fish에서 비롯되었다. 사람들은 이 신기한 형광물질에 관심이 있었고, 이 형광물질을 연구하던 도중 이것이 flashlight fish에 공생하는 Vibrio fischeri라는 미생물에서 합성된 molecule이란 사실을 알아냈다. 그런데 이 형광물질은 vibio의 개체수가 일정 이상되었을 때만 발생하는 특성을 가지고 있었다. 연구초기에 과학자들은 이를 inhibitor의 작용으로 생각하였다. , 적은 개체수일 때는 medialuminescence에 대한 inhibitor가 존재하여 형광을 띠지 않으나, 개체수가 증가함에 따라 inhibitor의 양이 점차 감소하여 발광을 하게 된다고 여겼다. 그 결과 적은 개체수여도 inhibitor가 없는 media에서 키운다면 역시 luminescence가 발광을 할 것으로 생각했으나, 결과는 그렇지 않았다. 반면 N-(3-oxohexanoyl)-homoserine lactone (autoinducer의 일종)이 축적됨에 따라 luminescence가 발광하였고, 그 결과 Quorum Sensingcell density와 관련이 있다는 것이 밝혀졌다. 또한 발견초기 Quorum Sensingvibrio와 같은 공생하는 미생물에서 주로 발견되어 symbiotic microorganism의 특성이라고 여겨졌다. 그러나 최근들어 Quorum SensingE.coli, Bacillus 등의 대부분 미생물에서 발견됨에 따라 이것이 공생관계에 있는 미생물에서만 일어나는 것이 아닌, 모든 미생물에 있어서 일어나는 전반적인 현상이라는 것이 밝혀졌다.




Mechanism of Quorum-sensing


① Vibrio fischeri

 Autoinduction의 전체 process는 크게 autoinducer에 의한 주변의 cellcommunication과 이 signal에 대한 cellular machinery의 대응으로 나눠볼 수 있다. Vibrio fischeri에서 이런 process로 조절되는 것이 lux operon이다. 따라서 V. fischeri에서의 Quorum sensinglux operon의 조절기작을 통해 알아보면 다음과 같다. 먼저 lux operonFig2.과 같은 구조로 되어있다.

              

            

                            Figure 2. Structure of lux operone



 
luxRluxCDABE에 대한 positive regulator(activator)coding하는 gene으로, 생성된 LuxRautoinducer와 결합하는 domainlux operonpromoter와 결합하는 서로 다른 두개의 domain을 가지고 있다. 먼저 LuxRN-terminusautoinducer와 결합하는 부분을 포함하고 있는데, 이러한 사실은 N-terminus를 제거한 LuxRautoinducer의 농도와 무관하게 transcription activator로 작용하는 것을 발견함으로써 밝혀졌다. 반면 C-terminushelix-turn-helix motif를 가짐으로써 lux promoterinteraction하여 transcription을 증가시키는 역할을 한다고 알려져 있다. 그러나 V. fischeri 의 개체밀도가 작을 때 LuxRN-terminus는 세포 내부의 plasma membrane에 결합하여 유동성을 감소시킴으로써 C-terminusdomainDNA와 결합하는 것을 방해한다. 그 결과 luxCDABEtranscription 증가는 일어나지 않게 되어 발광물질은 합성되지 않는다. 그러나 개체수가 증가함에따라 세포질 내의 autoinducer의 양이 늘어나게 될 경우, autoinducerLuxRN-terminus와 결합하면서 membrane으로부터 LuxR을 떨어뜨린다. 따라서 자유로워진 C-terminusDNA와 결합하여 발광물질을 coding하는 genetranscription을 증가시킨다.

              
                

                     Figure 3. Transcription mechanism of lux operone


 
다음으로 luxIN-(3-oxohexanoyl) homoserine lactone이라는 autoinducercoding하는 유전자로, 이로부터 생성된 molecule은 일반적으로 개체밀도가 낮을 때 basal level만이 발현되어 media로 배출되었다가, 개체밀도가 증가하게 되어 media 안의 autoinducer의 농도가 일정수준 이상이 되면 다시 cell 안으로 유입된다. 이 때 critical threshold 농도는 대략 5~10 nanomolar이다. 따라서 유입된 autoinducerLuxRcomplex를 이루면서 lux ICDABE에 대한 promoter-10 region (lux box, Fig3.)에 붙어 lux operonetranscription을 활성시킨다. 그 결과 LuxI (autoinducer)의 발현양도 1000배 가량 증폭되어, 결국 발광물질의 생산도 따라서 증가하게 된다.

② Bacillus subtilis Bacillus subtilisComX, CSF라는 두 종류의 autoinducer를 가지고 있는데, 이것들에 의하여 (transcription factor) ComAactivity가 증가하게 된다. ComAquorum response와 관련된 몇몇 genes의 발현를 activation시키는 factor, 이것들에 의한 regulation pathwayFig4.와 같다.

               

                   Figure 4 . Quorum sensing pathway in B. subtilis



 
ComXComA의 활성을 조절하는 주요 signaling peptide, 생성초기에는 medium으로 배출되다가 cell 농도가 증가하게 됨에 따라 mediumComX 양이 일정수준 이상 늘어나게 되면 protein kinase ComP를 활성화시킨다. 그 결과 ComPComAphosphate를 전달함으로써 ComA의 활성을 높여 이에 따른 여러 gene들을 발현시켜 quorum response를 일으키게 된다. 따라서 ComX의 핵심기능은 cell density를 감지하는 것이다.  CSF 역시 ComAactivity를 조절하는 signal peptide로서, CSFComX와 비교하였을 때 조금 더 정교한 조절기작을 가지고 있다. CSFdiffusible peptide로 역시 확산을 통해 medium으로 배출되다가 임계농도에 이르게 되면 oligopeptide permease (Opp)를 통하여 cell 내부로 유입된다. 이때 CSF는 두 종류의 intracellular receptors와 결합하여 ComAactivity를 조절한다. 먼저 낮은 농도(1~5 nm)에서 CSFRapCactivity를 감소시킴으로써 ComA의 활성을 높인다 (RapCaspartyl-phosphate phosphatase, ComA에 붙은 phosphate를 떨어뜨림으로써 ComA의 활성을 떨어뜨린다). 반면 높은 농도(>20 nm)일 경우 CSF(아직 정확히 밝혀진 것은 아니나) ComP로 추정되는 receptor와 결합하여 ComAactivity를 떨어뜨릴 뿐만 아니라 RapB의 활성을 inhibition시켜 sporulation을 유도하는 것으로 알려져 있다.


 CSF는 특별히 cell density가 증가함에 따라 발생하는 starvation에 의하여 그 발현양이 조절되는 것으로 알려져 있다. 옆의 그림은 starvation CSFregulation을 나타낸 것이다.CSFcoding하는 phrC는 두개의 promoter에 의해 조절된다. 우선 P1house-keeping sigma factor에 의해 인식되고, ComA를 통해 quorum response에 의해 조절된다. P1앞의 작은 black boxComA-binding site, ComAP1에 의한 전사에 관여하고, CSFRapC는 자기 자신들의 합성량에 따라 그 양이 autoregulation된다. 또 다른 promoterP2 σH에 의해 조절되는 region으로 starvation σHactivity가 높아지게 되는데, 때문에 이때 CSF의 발현양이 증가하게 된다. (starvation 시 어떻게 σHactivity가 높아지는 가는 아직 알려지지 않았다) 따라서 lower cell density일 때 CSF에 의해 ComA의 활성이 높아지게 되고, 그 결과 ComA에 의해 조절되는 gene들이 발현하게 된다. 따라서 CSFcell density를 감지할 뿐만 아니라, starvation 또한 감지하는 indicator로서의 기능도 가지고 있다고 할 수 있다.

 

 









출처
http://home.postech.ac.kr/~nayana44/research_02.htm


유전자 네트워크를 이용한 암, 당뇨 등 복잡질환 조절유전자 예측방법 개발 science inspiration

유전자네트워크를 이용한 암, 당뇨 등 복잡질환 조절유전자 예측방법 개발

2010년 08월 31일(화) 16시 52분 이인석 연세대학교 생명공학과 조교수  insuklee@yonsei.ac.kr 
 

필자는 이미 본지의 지난 호(2010년 3월호)에서 식물유전자네트워크 개발을 소개하면서 유전자네트워크에 대한 기본개념과 향후 농업연구에서의 가능성 등을 소개하였다. 사실 유전자네트워크는 의생명 연구 분야에서 더 오래전부터 관심을 가져왔다. 필자 또한 식물과 더불어 동물의 유전자네트워크의 개발에도 많은 노력을 기울여 이미 2008년도에 기초의학연구에서 매우 유용한 동물모델 중 하나인 꼬마선충( C. elegans )의 유전자네트워크를 발표한 바 있다 ( Nature Genetics 40:181). 

원래 유전자네트워크의 개발 당시 기대 되었던 주요 응용분야는 새로운 유전자 기능들의 발굴이었다. 그런데 이 연구의 수행 중 본인을 비롯한 공동연구자들은 유전자네트워크를 이용하여 복잡질환의 조절유전자를 발굴할 수 있는 가능성을 보게 되었다. 그래서 우리는 이러한 관찰을 대량의 데이터를 통해 분석하고 실험을 통해 검증하여 유전자네트워크를 이용한 복잡질환 조절유전자 예측방법을 제시하였다 (Genome Research 2010년 6월호 인터넷판 발표). 

필자는 본 지면을 통해 복잡질환연구의 중요성과 현재 연구방법들의 한계, 그리고 유전자네트워크가 어떻게 새로운 해결방법을 제시하는지를 소개하고자 한다. 유전자네트워크에 대한 소개는 지난 호에 이미 소개되었으므로 이번에는 생략하기로 하겠다. 혹시 유전자네트워크가 생소하신 독자들은 2010년 3월호에 개제된 본인의 글(제목: 네트워크 이용한 새롭고 효율적인 유전학 연구 기법 제시)을 참고하기 바란다.

복잡질환이란 무엇인가

인간을 괴롭히는 거의 모든 질환들은 유전적인 요인들이 작용한다. 대학 생화학 교과서에서 많이 등장하는 Sickle-cell anemia와 같은 병은 단순히 하나의 유전자의 이상으로 질환이 시작되는 전형적인 멘델리언 질환(Mendelian disease)이다. 하지만 이렇게 유전자 한둘에 의해 설명될 수 있는 인간의 질환은 현재까지 알려진 질환들 중 5% 미만인 것으로 추측되고 있다. 

사실 우리를 위협하고 있는 대부분의 질환들은 수십에서 수백 개의 유전자들의 상태가 복합적으로 작용하여 질환의 발현을 조절하는 복잡질환(Complex disease)이다. 예를 들면 많은 사람들의 생명을 위협하는 질환 중의 하나인 암은 현재 약 300-600개의 관련 유전자들이 있을 것으로 추측되고 있다. 이밖에도 당뇨, 비만과 같은 대사질환들도 대표적인 복잡질환이다. 

수만 명 혹은 수십만 명 중 한명에 발생하는 희귀질병인 멘델리언 질환과는 달리 복잡질환들은 우리 주위에서 고통 받는 환자들을 쉽게 찾아볼 수 있을 만큼 보편적인 질환이기에 보편질환(Common disease)이라고도 불리워지고 있다. 그러므로 인류의 건강증진을 위해서는 복잡질환을 통제할 수 있는 능력이 절실히 필요하다.

현재 복잡질환 연구 방법들과 한계

병을 치료하기 위해서는 병의 원인을 먼저 알아내는 것이 필요하다. 그러므로 유전자의 이상이 질환과 관련된 경우 우리는 질환에 영향을 주는 유전자들을 먼저 밝혀내는 것이 가장 급선무일 것이다. 만약 이러한 원인 유전자들을 찾아낸다면 그 유전자들을 타깃으로 하는 신약이나 유전자치료를 통하여 해당 질환을 통제할 수 있을 것이다. 멘델리언 질환의 경우 이러한 원인 유전자의 발굴이 비교적 빠른 시간 내에 이루어질 수 있다. 

유전체학의 발전 전에는 최소 몇 년이 걸리던 질환 원인유전자 발굴은 인간유전체의 염기서열 규명과 유전자마커(genetic marker)들의 발달 덕분에 현재는 수개월 내에 이루어질 수 있을 정도로 발달 되었다. 하지만 복잡질환의 경우는 아직까지도 원인 유전자들의 발굴이 그리 수월하지는 않은 것이 현실이다. 그 주요 이유로는 (1) 관련 유전자의 수가 많아 모든 관련 유전자의 발굴에 많은 시간이 요구되고 (2) 각각의 관련 유전자가 질환의 형질에 미치는 영향이 적기 때문에 실험적인 관찰이 어렵기 때문이다.

사실 약 5년 전부터 매우 활발하게 진행되고 있는 GWAS(Genome-wide Association Study)라는 고속유전자타이핑(high-throughput genotyping)과 통계학을 이용한 강력한 연구방법으로 인하여 유전학자들은 복잡질환들에 관련된 유전자들을 머지않아 대부분 발굴하여 치료법 개발의 근간을 마련할 수 있을 것이라는 희망에 가득 차 있었다. 하지만 최근까지 천문학적인 연구비를 투자하여 얻어낸 결과는 이러한 당초의 기대에는 훨씬 미치지 못하는 것이었다. 복잡질환에 관련된 유전적 요인의 연구는 당초 예상했던 것보다도 훨씬 어려울 것이라는 것이 최근 학계의 공통된 의견이다.

이렇게 복잡질환유전학 연구를 어렵게 하는 여러 가지 이유 중 하나가 바로 유전자상호관계(genetic interaction)이다. 많은 복잡질환 관련 유전자들은 각각 단독으로 이상이 생겼을 때와 서로 복합적으로 이상이 생겼을 때 매우 다른 형질을 나타낼 수 있다. 다시 설명하자면 각 유전자들의 기능상실에 의한 형질변화정도를 1 이라고 정의했을 때 두 유전자의 동시적 기능상실에 의한 현질변화정도, 즉 1+1이 2가 아닌 5 나 10이 되기도 하며 때론 0이 되기도 하는 것이다. 이러한 생물학적 현상은 두 유전자가 세포내에서 기능적으로 서로 시너지 효과를 가지거나 길항효과를 가지기 때문이다. 

이러한 유전자들 사이의 관계를 지도화 하는 것은 복잡질환연구에 매우 중요하다. 왜냐면 전체 세포에 같은 수의 유전자에 이상이 생겨도 이러한 시너지 효과를 나타내는 유전자조합의 경우 (즉 1+1은 5나 10인 경우)와 아닌 경우(1+1은 2인 경우)의 질환의 정도는 매우 다를 수 있기 때문이다. 또한 복잡질환을 일으킨 한 유전자의 돌연변이를 기능적으로 억제할 수 있는 또 다른 유전자(즉 조절유전자)의 돌연변이가 발견되는 경우(즉 1+1은 0인 경우)에는 이 억제효과를 나타내는 유전자의 발현을 조절함으로써 질환을 치료할 수 있는 가능성도 있는 것이다. 그러므로 이러한 질환관련 유전자들 사이의 유전자상호관계의 발굴은 개별적인 질환관련 유전자의 발굴만큼 복잡질환 연구에 중요한 문제로 대두되고 있다.

두 유전자들 간의 유전자상호작용은 유전자들의 개별적인 기능상실에 의한 형질변화의 정도들과 두유전자의 동시적 기능상실에 의한 형질변화의 정도의 차이를 비교함으로써 비교적 쉽게 발굴될 수 있다 (즉 1+1이 2보다 크거나 적으면 유전적상호관계가 있다고 말할 수 있다). 

하지만 이를 전체 유전체 수준의 문제로 확대하면 이야기가 달라진다. 예를 들면, 인간의 전체 유전자의 수는 약 2만개로 추정되고 있다. 그러므로 이들 2만개 유전자들 간의 상호관계의 총 경우의 수는 20,000 × 20,000 ÷ 2 = 200,000,000 즉 2억 개 가량이 된다. 수십 개 혹은 수백 개의 상관관계를 실험적으로 테스트 하는 것은 비교적 수월한 연구가 될 수 있으나 2억 개를 모두 테스트 하는 것은 현재의 기술로는 거의 불가능할 뿐만 아니라 실용적이지 못한 연구방법이다. 

참고로 단세포 미생물인 효모의 유전자상호관계에 대한 유전체수준의 테스트가 케나다의 토론토대학에서 현재까지 약 10년 이상 진행되어왔다. 매우 자동화된 시스템을 사용함에도 불구하고 현재까지 테스트된 유전자상호관계의 수는 약 8백만 개 정도이다. 그러므로 2억 개의 상호관계를 실험적으로 테스트가 훨씬 어렵고 비용이 많이 드는 인간세포주를 이용한 연구에서 무작위 적으로 실행한다는 것은 분명 그리 현명한 계획이 아닌 것은 분명하다.

유전자네트워크를 이용한 복잡질환 연구방법의 제시

▷ 유전자네트워크를 이용한 질환유전자의 조절유전자(유전자
상호작용 관계에 있는 유전자)의 예측법을 도식화한 그림. 질환
유전자(적색)는 질환관련 생물경로에 포함되는 유전자이고 
유전자상호작용에 의해 알려진 조절유전자(황색)들은 질환관련 
생물경로를 조절하는 또 다른 생물경로의 구성 유전자들이다. 
이들 알려진 조절유전자의 네트워크상의 이웃유전자(녹색)들이 
동일한 생물경로에 포함되어 있다면 이들 역시 동일한 질환
유전자를 조절하는 유전자들일 가능성이 높을 것이다. 우리는 
이들 유전자들을 우선적인 후보로 선정한 후 실험적으로 
테스트를 하는 방식으로 효율적인 질환유전자의 조절유전자들을 
발굴하고자한다 (Genome Research doi:10.1101/gr.102749.109
의 그림을 발췌 수정).
그렇다면 이를 위한 보다 효과적인 연구방법은 없는가? 우리는 최근 각광받고 있는 시스템생물학 연구법을 이용하고자 한다. 생명체를 전체 계로 연구하는 시스템생물학에서는 예측모델이 자주 사용된다. 예측모델들은 주로 여러 가지 다양한 오믹스 데이터를 분석하고 통합하여 구축될 수 있으며 필자가 속한 공동연구팀이 주로 이용하는 예측모델이 바로 유전자네트워크이다. 

우리의 목표는 유전자네트워크를 이용하여 유전자상호관계 가능성이 높은 유전자 쌍들을 예측하여 최소의 비용으로 최대수의 유전자상호관계를 발굴하는 것이다. 본 연구팀은 기존에 발굴된 유전자상호관계들이 생물경로(biological pathway)들 사이에 많이 존재한다는 기존의 관찰결과에서 아이디어를 시작하였다 (그림 참조). 

생물경로는 쉽게 독립적인 생리현상들을 수행하는 기능단위라고 생각하면 된다. 생리현상을 수행하는 최소 기능단위는 개별 유전자가 아닌 기능적으로 연관된 유전자들의 기능적 집합체인 생물경로이다. 

우리가 개발한 유전자네트워크는 이러한 생물경로들을 잘 표현하고 있다. 우리는 우선 기존에 알려진 질환관련 유전자(적색)와 유전자상호작용관계(적색 점선)에 있는 조절유전자(황색)들을 조사해본 결과 이들 동일한 질환유전자에 상호작용하는 조절유전자들이 우리의 유전자네트워크에서 서로 잘 연결되어있음을 관찰할 수 있었다. 이것은 첫째, 동일 질환유전자와 상호작용하는 조절유전자들이 동일한 생물경로를 이루는 유전자일 확률이 높다는 것을 암시하며, 둘째, 현재 알려진 동일 질환유전자에 대한 조절유전자들의 유전자네트워크상 이웃 유전자(녹색)들도 또한 조절유전자일 가능성이 높을 것이라는 가설을 제안하고 있다. 그래서 본 연구팀은 꼬마선충을 이용해 이 가설을 테스트 해보기로 하였다.

우리가 꼬마선충을 선택한 이유는 크게 세 가지이다. 첫째, 꼬마선충을 이용하면 손쉽게 RNA 간섭을 이용하여 후보 유전자상호작용을 테스트 해볼 수 있다. 둘째, 꼬마선충은 인간의 질환관련 유전자와 유사한 유전자들을 많이 가지고 있고 실제 암, 당뇨와 같은 인간 질환연구에 모델 생명체로 많이 사용되고 있다. 셋째, 우리는 이미 세계 최고 수준의 꼬마선충 유전자네트워크를 보유하고 있다 (Nature Genetics 40:181 참조). 

이에 우리는 인간질환을 조절하는 신호전달경로에 관련된 세 유전자의 꼬마선충 내 유사유전자들에 이미 알려진 조절유전자들의 유전자네트워크상의 이웃 유전자들을 새로운 후보 조절유전자로 선정한 후, RNA 간섭을 이용하여 실험적으로 테스트하였다. 이 결과 우리는 유전자네트워크기반의 예측이 기존의 무작위적 예측이나 생물학적 가설기반의 예측보다 평균 7배 이상 효과적임을 관찰하였다.

인간 유전자네트워크의 개발이 복잡질환 연구에 과연 기여할 것인가?

그렇다면 위와 같이 유전자네트워크를 이용한 예측을 통한 효과적인 질환조절 유전자 발굴이 과연 가능할 것인가? 필자를 비롯한 대부분의 시스템생물학자들은 매우 가능성이 높다고 예측하고 있다. 하지만 이를 위해서는 우선 예측력이 뛰어난 유전자네트워크가 인간유전체에 대해 필요하고 꼬마선충에서와 같이 비교적 수월한 실험적 테스트 방법이 또한 필요하다. 필자를 비롯한 많은 기능 유전체학자, 시스템생물학자들이 이를 위해 현재 부단히 연구하고 있으므로 가까운 시일 내에 새로운 가능성을 제시하는 연구결과가 발표될 것을 기대해 본다.



이인석 연세대학교 생명공학과 조교수 insuklee@yonsei.ac.kr

글쓴이는 한양대학교 생물학과 졸업 후 일리노이주립대에서 생물학 석사학위를, 텍사스주립대에서 미생물학 박사학위를 받았다. 그 후 동대학에서 생명정보학, 시스템생물학분야에서 박사후 과정을 마친 뒤 현재 연세대학교 생명공학과 조교수로 재직하고 있다.


OTC 슈퍼판매

일반약 슈퍼판매와 국민들간의 관계!펀글    2011-07-08 17:02:43



장점과 단점은 항상 공존합니다. 마냥 슈퍼판매를 좋아할일이 아닙니다. 현실적으로 정말 나에게 어떤 장점이 그리고 단점이 있을것인가 생각해봅시다.   다른 이익단체나 조직이 아닌 나에게 돌아올 이익과 손해가 무엇인지를.

장점 1. 24시간 편의점이나 슈퍼에서 언제든지 필요할때 약을 구입할수 있다. 

단점 1. 약값이 비싸진다. (앞으로 박카스 1000원에 사먹어야합니다.)     현재 90프로이상의 약국에서 박카스 500원에 사먹을수 있습니다.     하지만 슈퍼판매가 풀리면 박카스 절대 500원에 못사먹습니다. 슈퍼는 최소 마진률 30프로, 편의점은 50%를 남기지 않으면 팔이유가 없어집니다. 지금은 약사들이 약국마다의 제품도매구입가에서 50원이하의 이윤을 남기고 국민들에게 팔고 있지만,, 슈퍼에서는 그럴이유가 없습니다. 무조건 남겨야하기때문에,, 

2. 약의 쓰레기화된다.    현재 약국에서 판매되는 모든 약은 생동성 실험 및 Test를 거쳐 엄격한 복지부 및 관련단체에 감시와 감사를 받으며 정상적인 제조원을 통해서 구입되어지고 약국에서  판매됩니다.   하지만, 앞으로 슈퍼판매로 변경되면 "박커스", "타이라놀", 화이타벤" 등 생전 들어보지도 못한 다양한 유사이름으로 쓰레기와 같은 근거와 출처도 확인되지 않은 약들의 범람과 동시에 우매하고 돈없는 불쌍한 국민들의 건강에 문제를 가져올수 있습니다. 미국소고기 첨에는 반대했지만,, 돈없고 우매한 우리국민들,, 지금 보세요,, 잘 먹고 있습니다. 이럴려면 촛불집회를 도대체 왜 했는지....................첨부터 감사하다고 넙죽 절하고 그냥 맛있게 먹고 이나 쑤셨어야 하는거 아니였는지......

3. 대기업의 종이 된다.     "조중동" 등 종편의 시작에 따른 의 이에 편승되어져야 할 광고는 한정되어 있습니다. 이는 조중동의 종편운영을 위한 광고계의 추가유입이 필요한데,, 이가 바로 슈퍼판매 가능한 제약회사 일반약 광고들이 될것입니다. 일반약광고를 통한 수입은 "조중동" 종편의 필수항목입니다. 이와동시에 광고비를 들여 광고되는 모든 슈퍼판매 일반약값들은 모두 2배이상 뛸것이며, 소비자들은 고스란히 그돈주고 약사먹어야 합니다. 그때서야 약국에서 싸게 안전하게 약을 구매했던 기억에 회상하며 우매한국민들은 또한번 어리석었음을 달래야 할것입니다.

4. 의료 민영화의 초석    우매한 국민들,, 의료 민영화가 뭔지는 아십니까??  일반약 슈퍼판매가 관련 우리 국민들에게 정말 이익일까요??   절대로 돼면 안될정책중의 하나가 의료 민영화입니다. 영화 '식코'를 보셨는지요?? 적어도 '식코'를 보신분들의 의료민영화가 뭔지 기본적인 부분에 대해서 알았을것이며,, 최소한의 의식이 있으신분들입니다.     의료 민영화는 현재 우리나라의 건강보험 체계를 최소화시키고, 국민들의 코묻은 주머니에서 민영 보험회사의 배를 불려주기 위한 아주 못된 법이 될가능성이 농후합니다.     예를들어, 지금은 1000가지의 질환관련하여 한집안의 가장이 월 15만원 정도의 의료보험비를 내면 4인, 또는 그이상의 가족이 1000가지의 질환에 대해 국민의료보험공단에서 60프로 이상의 진료비 보조를 받으므로 약 30프로의 진료비만 내고 병원및 약국에서 진료및 처방을 받을수 있습니다.   하지만 민영화가 되면  기존 혜택을 받을수 있었던 질환의 종류가 1000가지에서 100가질 줄어들게 되면 나머지 900가지는 민영의료보험을 들지 않으면 100%로 고스란히 다 지불하고 진료 및 처방을 받을수 밖에 없게 될것입니다. 돈없는 사람이나 노인들은 값비싼 민영의료보험에 가입하지 못할것이고, 아프면 골방에 누워 멍청하다는 이유만으로 일주일이던,, 한달이던 골방에 누워 인내심으로 병과의 혈투를 진행해야 할것입니다.   이시점에서 궁금하시죠??, 근데 왜 ,,필자가,, 슈퍼판매가 의료민영화의 초석이라고 말하는 것일까??   그렇습니다. 아래와 같이 다시한번 쉽게 설명해 드릴테니, 이해해보시기 바랍니다.   1단계: 복지부에서 국민편의를 핑계로 일반약 40여가지 품목이 슈퍼판매됨 2단계: 이에 반발한 약사들이 전문약 20여가지 품목을 일반약으로 전환요청 국민편의를 핑계로 전환됨. 3단계: 이에 열받은 의사들이 의료보험급여대상진료가 아닌 비급여진료대상으로 의료행위 진화. 4단계: 일반약 40여가지가 아니라 수천가지 품목이 슈퍼판매허용과 동시에 의료보험대상이 아닌 비급여대상진료의 꾸준한 확대와 동시에 의료보험공단 급여대상 항목 축소로 건강의료보험공단 재정 충만. 5단계: 딱 이때다 싶은 민영의료보험사의 비급여항목 및 일반약 등등 민영의료보험 급여대상 항목 신규생성및 확대로 민영의료보험가입자에게 할인진료비를 제공시작과 동시 우매한 국민들 최소 가입 시작   6단계: 민영의료보험가입하지 않을경우, 엄청난 의료비를 지불하지 않고서는 의료혜택을 받을수 없은 의료 민영화 단계 진입.   7단계: 영화 "식코"(국내용은 “하얀 정글”)를 다시한번 보면서 눈물을 흘림,,,(그때 슈퍼판매 반대했어야하는데,,,,,,,하면서.)     더 많은 단점들이 있지만,, 개인적인 단점보다,, 모든이가 공감하고,, 모든이에게 적용될만한 단점들만을 생각해봤습니다.   정말,, 어떤것이 지금당장의 나자신을 위해서가 아닌 미래의 나자신까지를 챙길수 있는 길인지,, 다시 한번 생각해보시고,,,,,, 대한민국 국민의 한사람 한사람으로써 올바른 여론몰이 하셨으면 좋겠습니다



후생유전학 science inspiration

[리뷰] 유전은 운명? -후성유전학은 무얼 말해주는가 (5)
BY 김우재   l  2010.05.31

 

디엔에이(DNA) 염기서열은 똑같아도 유전자가 발현되는 표현형은 달라질 수 있으며 거기에서 유전자 발현에 끼치는 환경의 영향이 어떻게 나타나는지가 ’후성유전학’ 분야에서 주목받고 있다. 이런 가운데 최근에는 과학저널 <네이처>에 한 명은 어떤 질환을 앓고 다른 한 명은 그렇지 않은 일란성 쌍생아의 유전체와 후성유전체를 비교 분석해보았으나 별 차이를 발견하지 못했다는 연구논문이 발표돼 연구자들한테 당혹스러움을 던져주었다. 유전체와 알려진 후성유전물질에서 질환을 일으키는 특이한 차이가 예상과 달리 발견되지 않았기 때문이다. <네이처>는 이 연구결과에 대한 전문가 평들을 보도하면서 ’질병의 복잡성’을 보여주는 연구라고 평했다.  후성유전학의 흐름과 최근 뉴스를 사이언스온의 상임필진인 김우재 박사가 풀어 정리했다.

 

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리투아니아의 쌍둥이 자매. 한겨레 자료사진/ 최대석 제공

 

 

 

 유전은 운명인가? 쌍생아의 차이

 

 

 

 

 

‘유전자’라는 개념의 정의는 생물학의 발달과 맞물려 변해왔다. 멘델의 시대에도, 다윈의 시대에도, 유전자의 물리적 실체는 추상적이고 모호한 개념이었다. 미국 생물학자인 토머스 모건이 처음으로 유전자를 염색체 위에 정렬시켰을 때에도 여전히 유전자의 화학적 조성은 미지의 영역으로 남아 있었다. 제임스 왓슨과 프랜시스 크릭이 DNA의 이중나선 구조를 발견한 이후에 분자생물학은 유전자를 일종의 단백질을 코딩하는 DNA의 일정 부위로 정의했고, 이처럼 단순한 정의가 생산적 결과를 가져오는 한 과학자는 유전자의 정의에 그다지 연연하지 않았다.

 

하지만 계속되는 생물학의 발전은 유전자에 대한 정의가 지나치게 협소했다는 점을 인정하게 했다. 이제 “염색체상에 가지런히 배열된 유전자”라는 관점은 설 땅을 잃어가고 있다. 심지어 유전자 개념에 대한 다양한 정의가 가능하다는 관점이 대두하고 있다.1)

 

 

‘후성유전학’이라는 신생 학문의 등장

 

‘생명’이라는 정의하기 어려운 현상을 연구하다 보면, 모든 현상을 설명할 수 있는 개념을 창조하는 것이 거의 불가능에 가까움을 깨닫게 된다. 생명엔 언제나 ‘예외 현상’이 존재한다. 따라서 생물학자는 실용적 개념을 선호한다. 개념은 두루뭉술하게 정의되고, 생물학의 발전을 따라 함께 진화한다.2) 그래서 개념으로 생물학을 분석하려는 과학철학자들의 시도 자체가 어불성설이다. 현장의 과학자에게 중요한 것은 개념이 아니다. 개념은 실용적으로 정의되고 변화한다.

 

‘후성유전학’(Epigenetics)처럼 극단적으로 다양한 의미를 지닌 개념도 없을 것 같다. 이 말을 처음으로 쓴 콘래드 워딩턴은 후성유전학을 ‘발생 과정에서 어떻게 유전형이 표현형을 창출하는갗를 연구하는 학문이라고 정의했다. 하지만 현대생물학에서 후성유전학은 ‘DNA 염기서열의 차이에서 기인하지 않았지만 대물림되는 유전자 발현에 관한 연구’로 정의된다. 다른 말로 표현하자면, 우리가 모르는 방식으로 대물림되는 현상에 관한 연구인 셈이다. 이러한 정의는 후성유전학이 무엇인지 규정해주는 것이 아니라, 무엇이 후성유전학이 아닌지를 규정한다. 전통적 의미의 대물림 현상이 아닌 어떤 것, 그것이 후성유전학의 포괄적인 연구 주제가 된다.3)

 

후성유전학은 DNA에 달라붙는 생화학물질 ‘메틸기’의 패턴에 의해 유전형과는 다른 표현형의 변이가 나타나고 그것이 대물림된다고 본다. 좁은잎해란초(toadflax flowers)의 꽃은 DNA의 메틸화에 의한 표현형의 변이가 몇 세대에 걸쳐 대물림됨을 보여주는 가장 대표적인 예다. 또 식물과 곰팡이는 유전자 염기서열과는 아무런 상관이 없으면서도 대물림되는 다양한 표현형 변이의 창고다. 아구티라는 쥐의 털 색깔에 관한 연구결과는 메틸화에 의한 대물림 현상이 포유류에게도 확장될 수 있음을 보여주는 결정적 증거다. 유전적으로 동일하지만, 아구티 유전자의 메틸화 패턴이 다른 부모에게서는 새끼들도 다양한 색깔을 지닌 채 태어난다.

 

후성유전학이 흥미롭게 보이는 이유는, 라마르크식 ‘획득 형질’을 닮았기 때문이다. 환경이 유전자에 흔적을 남기고, 흔적이 유전된다. 유전자는 환경의 흔적을 ‘기억’한다. 내 할아버지가 경험한 환경의 흔적이 나에게 유전된다. 1944년 네덜란드의 기근으로 인한 신생아들의 체중 저하와 당뇨병 증가는 인간도 후성유전학적 대물림에서 자유롭지 않다는 증거가 된다.4) 임산부의 행동 양식이 태아의 DNA 메틸화에 영향을 끼친다는 증거도 있다.5) 실제로 환경의 변화가 DNA의 메틸화에 영향을 끼치고, 그 영향력이 몇 세대에 걸쳐 대물림된다는 증거는 헤아릴 수 없이 많다.6) 그 작동 방식이 확실히 밝혀지지는 않았지만, 환경이 몇 세대에 걸쳐 생리 현상과 행동 양식에 영향을 끼칠 수 있는 가능성은 남아 있다. 하지만 아직 확신할 단계는 아니다.

 

 

최근의 쌍생아 연구가 보여주는 당혹…’질병의 복잡성’

 

일란성 쌍생아 연구는 유전학의 꽃이다. 일란성 쌍생아와 이란성 쌍생아는 환경 요인을 차단하고 유전적 요인만을 분석할 수 있는 최적의 비교연구 대상으로 여겨져왔다. 하지만 21세기 초엽부터 이런 기반을 뒤흔드는 예외가 발견됐다.7) 예를 들어 일란성 쌍생아들의 DNA 메틸화 패턴이 어릴 때는 비슷하지만 성장하면서 점차 달라지고, 그래서 표현형이 달라진다는 것이다.8)

 

성격이나 심리 상태가 환경에 영향을 받는다는 사실은 잘 알려졌다. 일란성 쌍생아 연구를 유전자결정론의 대표적인 예로 만드는 것은 유전적 질병 때문이지만, 일란성 쌍생아가 동일한 유전병에 걸릴 확률조차 다르다는 사실이 밝혀지고 있다. 단순히 유전자의 염기서열이 질병에 걸릴 확률을 결정할 수 없다는 뜻이다.

 

‘다발성 경화증’(multiple sclerosis)이 대표적인 예다. 다발성 경화증은 환경적 요인이 상당히 중요하다고 알려진 퇴행성 신경질환이다. 일종의 자가면역질환으로 면역세포가 신경세포를 둘러싸고 있는 물질인 ‘수초’를 외부 물질로 인식하기 때문에 발생하는 것으로 알려졌다. 인구 집단에서 드물게 나타나는 이 질병에는 제대로 된 치료제가 없다. 얼마 전에 <네이처>에 한 명은 다발성 경화증에 걸렸고 한 명은 그렇지 않은 일란성 쌍생아의 유전체를 해독한 결과가 보고됐다.9)

 

환경 요인이 중요하다고 알려진 질병인 다발성 경화증에 대한 기존 연구결과들은 혼란스러웠다. 과거의 일란성 쌍생아 연구들은 분명히 일란성 쌍생아라 할지라도 이 질병에 대한 감수성이 다르다는 것을 밝혀낸 바 있다. 하지만 유전학자는 기어이 다발성 경화증에서 차이를 보이는 일란성 쌍생아들의 유전체에서 유전적 차이를 찾아냈다. 다발성 경화증에 유전적 요소가 결정적인지 아닌지는 초미의 관심사가 되었다.

 

이번에 <네이처>에 실린 연구는 다발성 경화증에서 차이를 보이는 여성 일란성 쌍생아의 유전체를 완전히 해부한 결과다. 유전 정보를 전달하는 전령RNA의 발현 패턴, 메틸화 패턴, 단일 염기의 다형성(SNP) 등 현재의 기술로 조사할 수 있는 대부분의 유전체적 변화가 분석됐다.

 

150만 달러가 들어간 이 연구의 결론은 허무하다. 연구진은 다발성 경화증에 걸린 쌍생아와 그렇지 않은 쌍생아 간에 아무런 유전적 차이를 발견하지 못했다. 유전적 차이뿐 아니라 현재까지 알려진 DNA 메틸화 패턴에서도 차이가 드러나지 않았고, 유전자 발현 패턴도 다르지 않았다. 연구진이 무엇을 의도하고 프로젝트를 시작했는지는 알 수 없다. 어쩌면 다발성 경화증의 유전적 기반을 찾고 싶었는지 모른다. 하지만 아무런 차이가 없었다.

 

그렇다고 유전적 요인이 아무런 영향을 미치지 않는다는 말은 아니다. 하지만 유전적 요인이 다발성 경화증을 유도하려면 환경적 요인이 절대적으로 필요하다. 그것이 감염에 의한 것인지, 식습관에 의한 것인지는 알 수 없다. 유전자는 필요조건은 될지언정 충분조건은 되지 못한다.

 

 

‘유전학은 결정론’이라고만 보는 철학적 결정론

 

후성유전학 연구는 급속하게 성장 중이다. 2006년에만 2500여 개 논문이 발표됐다. 암과 관련된 후성유전학 연구도 활발하다. 유전학은 유전자라는 확실한 실체를 대상으로 연구하는 학문이지만, 후성유전자라는 것은 존재하지 않는다. 현재 생물학은 후성유전학이라는 학문에 의해 새롭게 변화하고 있는지 모른다. 유전자가 모든 것을 결정한다는 기존 관점들이 재고되고 있다. 환경이 중요하다고 외치던 모호한 사회과학자들의 변명은 그들이 증오하던 분자생물학자에 의해 연결고리를 찾아가고 있다. 분명히 환경은 중요하다.

 

라마르크의 획득형질 유전을 닮았다는 이유로 많은 철학자들이 관심을 보이기도 한다. 하지만 후성유전학적 변이의 대물림이 얼마나 안정적인지에 관해서는 여전히 논쟁이 진행 중이다. 과학자들은 DNA 메틸화를 측정하는 방법론이 완전하지 않다는 이유로 확실한 결론을 내리기를 주저하고 있다. 분명 염기서열의 변화로는 설명되지 않는 대물림 현상이 존재한다. 그리고 그 분자적 기제로 가장 적합한 것은 후성유전학적 변이다. 하지만 그런 현상이 존재한다고 해도 얼마나 일반적인 것인지는 알 수 없다. 상식적인 과학자들이 언제나 논문의 말미에 적어두듯이, “더 많은 연구가 필요하다”.

 

분자생물학은 유전자 결정론이라는 오해와 환원주의라는 오해 속에서 성장해왔다. 이제 그 결정론자이자 환원주의자인 분자생물학자가 우리의 유전체 속에서 비결정론적 현상을 발견했건만, 철학자는 별반 관심이 없다. 분자생물학자는 여전히 환원주의자로 남아 있지만, 점차 비결정론에 물들어가고 있다. 생물학은 이렇게 발달하고 있는데, 철학자는 ‘분자생물학은 환원주의적 결정론’이라고 바라보는 과거의 굴레에 갇혀 있지는 않은가. 과학에 대한 판단을 철학자에게 맡기기 어려운 이유다.
 

 

 

 

1) Petter Portin, The Origin, Development and Present Status of the Concept of the Gene A Short Historical Account of the Discoveries, Current Genomics, 2000; Petter Portin, The elusive concept of the gene, Hereditas, 2009; 김우재, 유전자라는 개념의 진화, 사이언스타임즈, 2008년 7월 17일.
2) Richard Burian, On conceptual change in biology: The case of the gene, Evolution at a Crossroads, 1985.
3)  Adrian Bird, Perceptions of epigenetics, Nature 447, 396-398, 2007.
4) 김우재, 라마르크의 부활(2), 사이언스타임즈, 2009년 5월 2일.
5) Weaver, I. C. et al. Epigenetic programming by maternal behavior. Nature Neurosci. 7, 847–854, 2004.
6)  Anway, M. D., Cupp, A. S., Uzumcu, M. & Skinner, M. K. Epigenetic transgenerational actions of endocrine disruptors and male fertility. Science 308, 1466–1469, 2005.
7) Wong, A. H., Gottesman, I. I. & Petronis, A. Phenotypic differences in genetically identical organisms: the epigenetic perspective. Hum. Mol. Genet. 14, R11–R18, 2005.
8) Fraga, M. F. et al. Epigenetic differences arise during the lifetime of monozygotic twins. Proc. Natl Acad. Sci. USA 102, 10604–10609, 2005.
9) Source: Sergio E. Baranzini, Joann Mudge, Jennifer C. van Velkinburgh, et al. “Genome, epigenome and RNA sequences of monozygotic twins discordant for multiple sclerosis.” Nature 464, 1351-1356, 2010.


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김우재
“생명에 취한 사람, 초파리들의 날개짓 속에 편안함을 느끼는 몽상가.”

미국 캘리포니아대학 연구원 (행동유전학) | 초파리를 이용한 행동유전학 연구 | 블로그 ‘급진적 생물학자’ 운영, 인터넷신문 <사이언스 타임스>에 과학칼럼 연재 중

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